Доктор Эггман пробуждает древнее зло, дремавшее в Мастер-Изумруде, и намерен превратить его в могущественного монстра с помощью семи Изумрудов Хаоса. Остановить злодея берутся Соник и его друзья: за каждым героем закреплена отдельная сюжетная линия со своими уровнями и механиками. В этой версии добавлены новые задания и обновлённая графика.