Сюжет стартует сразу после победы Соника над доктором Роботником во второй части: герой терпит крушение на плавучем острове, где знакомится с новым персонажем — ехидной Наклзом. Соник вновь отправляется на поиски Изумрудов Хаоса, чтобы помешать Роботнику перезапустить его корабль Death Egg.