Вместо привычного бокового скроллинга игрок управляет только Соником на изометрических уровнях, собранных из спрайтов на основе предрендеренных 3D-моделей. Цель — находить Флики, впервые появившихся ещё в аркадной игре 1984 года, и относить их в безопасное место, периодически сталкиваясь с доктором Роботником, который запирает этих существ внутри роботов.