Гордон Фримен и Аликс Вэнс пробираются сквозь леса и подземные туннели к базе Сопротивления после разрушения Цитадели, отбиваясь от сил Альянса и новых видов противников. Дорогу разбавляют поездки на транспорте, головоломки на физике и перестрелки.