Игрок командует одной из трёх рас в отдалённом секторе Млечного Пути XXVI века: находчивыми терранами-колонистами, отрезанными от Земли, насекомоподобным роем зергов, поглощающим чужие виды, и протоссами с развитой псионикой. У каждой стороны свои войска, постройки и тактические ходы, а одиночные кампании и матчи через Battle.net связаны общим сюжетом.