Игрок снова берёт на себя роль Александра Манро, главы Hazard Team — элитного подразделения безопасности Звёздного флота. После короткого пролога на «Вояджере» и учёбы в Академии отряд получает самое опасное задание: службу на флагмане Федерации U.S.S. Enterprise NCC 1701-E, где предстоит исследовать новые миры и сражаться с незнакомыми и знакомыми цивилизациями.