Действие приходится на последние дни Первой войны за тиберий: Братство Нод похищает трёх специалистов GDI, и спасать их отправляют коммандос Ника «Хэвока» Паркера. Выясняется, что пленников принудили работать над проектом Re-Genesis — генетически усиленными суперсолдатами. Цели миссий EVA делит на первичные, вторичные и скрытые третичные, влияющие на итоговый ранг.