Продолжение сюжета Atomic Heart уводит игрока в подводный научный центр «Нептун», где вместе с сознанием Близняшек и новым арсеналом предстоит искать способ спасти человечество от мрачного будущего. По пути встречаются знакомые и новые персонажи, а также меняются до неузнаваемости места объекта 3826 — например, летящий город Челомей, захваченный роботами.