Сюжет разворачивается в колониальной Америке XVIII века: игрок поочерёдно управляет британским тамплиером Хейтемом Кенуэем и его сыном-полукровкой Коннором, встающим на путь ассасинов. Помимо Бостона, Нью-Йорка и лесов фронтира, здесь есть морские сражения, охота, сезонная погода и экономика поселения. Современная линия следует за Дезмондом Майлзом в Анимусе.